VŠEM už od svojho vzniku kládla dôraz na rozvoj vedecko - výskumnej činnosti. Základom pre dynamický rozvoj vedy a výskumu bolo hlboké presvedčenie všetkých pedagógov školy, že nedeliteľnou súčasťou pôsobenia špičkovej vysokej školy v Európskom vzdelávacom a vedecko – výskumnom priestore je kvalitné vzdelávanie a medzinárodne uznávaná vedecko – výskumná činnosť. Program vedecko – výskumnej činnosti VŠEM je prioritne orientovaný na základný a aplikovaný výskum a jeho prepojenie s vysokoškolským vzdelávaním, spoluprácou so spoločenskou a hospodárskou praxou doma a v zahraničí.
Výskumné zámery pracovísk vysokej školy sú realizované v kontexte s Dlhodobým zámerom vysokej školy na obdobie rokov 2014 – 2020 a následne 2021 - 2027, profilom akreditovaných študijných programov a inovačnými aktivitami zameranými na podporu vzdelanosti a rozvoj podnikania v regiónoch Slovenska.
Vedecko – výskumná činnosť je orientovaná aj na podporu tvorivej činnosti mladých vedeckých pracovníkov a ich spoluprácu so zahraničím a v rámci GROWUP Startup centra slúži študentom a absolventom VŠEM pri realizácii podnikateľských zámerov.
VŠEM orientuje svoje vedecko-výskumné aktivity na nasledovné oblasti výskumu:
- Kvalitatívna a kvantitatívna analýza štátnych zásahov a regulácie z hľadiska ekonomickej efektívnosti a kvality života regiónov a regionálneho rozvoja v SR.
- Regionálna poznatková ekonomika, zapojenie miestnych a regionálnych orgánov do oblastí, ktoré pokrývajú vzdelávanie a odbornú prípravu, inovácie, výskum a technológie podporujúce znižovanie disparít regiónov a podporujúce ich konkurencieschopnosť.
- Teritoriálny rozmer inovácií. Inovácie využiteľné pre regióny a mestá, malé a stredné podniky.
- Podnikateľské prostredie v SR, podpora vedy a inovácií, konkurenčná schopnosť malých a stredných podnikov a ich účasť na aktívnej politike zamestnanosti.
- Význam bezpečnostného manažmentu - jeho obsah, ktorý je tvorený logickou postupnosťou krokov, vykonávaných na zabránenie vzniku, prejavov alebo minimalizáciu bezpečnostných rizík a ohrození občanov, ich majetku, majetku obcí i spoločnosti, alebo inak pôsobia proti záujmom občanov a sociálnych skupín.
- Analýza dopytu a ponuky verejných a trhových služieb v SR.
- Cestovný ruch a udržateľný rozvoj regiónov SR.
- Optimalizácia distribúcie kompetencie výkonu verejných služieb medzi rôzne subjekty verejnej správy.
- Hranice a limity, úlohy a zmysel verejnej správy v občianskej a demokratickej spoločnosti.
- Deľba práce medzi štátnou správou a samosprávou, reforma verejnej správy ako kontinuálny proces, rozpočtová decentralizácia verejnej správy, komunálna reforma.
- Zvyšovanie efektívnosti výkonu štátnej správy (efektívnosť: množstvo a kvalita, zmysel, účel vykonanej práce verzus vynaložené zdroje, náklady) v členení na ministerstvá, centrálne úrady, krajské a obvodné úrady špecializovanej štátnej správy.
- Zvyšovanie efektívnosti výkonu samosprávy v členení na vyššie územné celky, obce a inštitúcie verejných služieb v pôsobnosti VÚC (školstvo, zdravotníctvo, sociálna sféra, bezpečnosť, doprava, územný rozvoj, životné prostredie, šport, imigrácia).
- Regionálny rozvoj (nástroje regionálneho rozvoja, zdroje regionálneho rozvoja, perspektívy a možnosti rozvoja konkrétneho regiónu alebo mesta, príležitosti na regionálny rozvoj v dôsledku zavedenia schengenských pravidiel).
- Malé a stredné podnikanie (MSP) ako faktor regionálneho rozvoja (podmienky vzniku a rozvoja MSP, regionálne orientované MSP, príspevok MSP k rozvoju regiónov).
- Informatizácia verejnej správy a informačné manažérske služby v podnikaní.